Plano de Recursos Hídricos da Bacia Hidrográfica do Rio São Francisco 2016-2025

A escassez de informação e desconhecimento sobre a flora da bacia, notadamente sobre o seu estado de conservação e distribuição, é bastante considerável; o estado de conservação de mais de 90% das espécies ainda não foi avaliado a nível internacional, e a nível nacional a porcentagem é apenas ligeiramente inferior.
A nível da fauna existe maior conhecimento, sobretudo a nível nacional, mas parte das espécies também não foi ainda avaliada quanto ao seu estatuto de conservação internacional. As maiores lacunas de informação registradas foram relativas a grupos específicos, como os invertebrados aquáticos.
O levantamento efetuado permitiu totalizar 1.194 taxa de flora e 1.701 taxa de fauna. Este levantamento foi focalizado essencialmente nas espécies aquáticas, ripárias e características dos biomas da bacia, com enfoque nas espécies raras e ameaçadas de extinção, nas espécies exóticas, de valor econômico, de interesse epidemiológico e nas espécies bioindicadoras.
A BHSF apresenta uma elevada taxa de endemismo, mais evidente no caso da flora: do total de espécies elencadas, 589 são endêmicas do Brasil, de uma região do País (por exemplo, do Nordeste), de um estado ou da própria BHSF.
No total, 155 espécies de flora e 140 espécies de fauna listadas apresentam estatuto de ameaça (nacional e/ou internacional), o que representa, respectivamente, cerca de 13% e 8% das espécies elencadas. A mata atlântica evidencia-se pela elevada proporção de espécies com estatuto de ameaça de flora que alberga.
As ameaças relativas ao estado de conservação da fauna e flora da BHSF estão muito associadas ao desmatamento expressivo registrado na bacia.