Plano de Recursos Hídricos da Bacia Hidrográfica do Rio São Francisco 2016-2025

Na BHSF estão presentes os biomas caatinga, cerrado e mata atlântica, constituindo estes últimos hotspots de biodiversidade brasileiros, dos 35 identificados a nível mundial. Estes ocupam, respectivamente, cerca de 57,2%, 39,5% e 3,3%, da sua superfície.
As classes de cobertura vegetal associadas à produção agropecuária, por um lado, e, por outro, aquelas associadas ao bioma cerrado, são aquelas que dominam em termos de superfície na bacia, ocupando conjuntamente perto de 70% da sua área. As classes de vegetação associadas ao bioma caatinga ocupam aproximadamente 20% da área da bacia, enquanto cada uma das restantes ocupa áreas inferiores a 2%.
Desde 2002 e até 2009/2010, foi registrado um desmatamento expressivo de 47% da área total da bacia.
A análise da evolução do uso do solo desde 2004 indicou um aumento expressivo da área associada à produção agropecuária em todas as regiões fisiográficas da bacia, por substituição, principalmente, de áreas de ecótono, caatinga (estepe), cerrado (savana) e floresta.