Plano de Recursos Hídricos da Bacia Hidrográfica do Rio São Francisco 2016-2025

Na ausência de redes de monitoramento da qualidade que abranjam a globalidade dos aquíferos ou de resultados das já implantadas, as informações sobre a qualidade das águas subterrâneas da bacia hidrográfica do São Francisco foram essencialmente suportadas por dados secundários.
Parte significativa da bacia do rio São Francisco possui água subterrânea de qualidade própria para o consumo humano. A diminuição das condições de potabilidade é, contudo, notória à medida que se avança em direção ao Submédio São Francisco.
Relativamente à qualidade da água subterrânea para a irrigação, verifica-se que aproximadamente metade da bacia possui qualidade própria para este fim.
Aproximadamente 38% da bacia hidrográfica possui uma vulnerabilidade média à poluição das águas subterrâneas armazenadas nos aquíferos aflorantes.
| Características | Alto SF | Médio SF | SM SF | Baixo SF |
| Qualidade da água subterrânea para consumo humano | Própria | Própria, com qualidade imprópria na porção Nordeste | Imprópria. Qualidade própria nas bacias sedimentares de Araripe e Tucano-Jatobá | Imprópria. Qualidade própria na bacia sedimentar Alagoas -Sergipe |
| Qualidade da água subterrânea para a irrigação | Própria | Própria. Menor qualidade na porção Nordeste | Própria a imprópria. Boa qualidade nas bacias sedimentares de Araripe e Tucano-Jatobá | Imprópria. Qualidade própria na bacia sedimentar Alagoas -Sergipe |